快速辐射类群因其在年轻生物多样性热点的进化、适应和环境变化研究中的潜在价值而备受关注，是解决生命之树问题的最大挑战之一。 紫堇属是罂粟科的一个超多样化属（约 530 种）。 主要分布在北温带，以青藏高原-横断山脉为主要辐射分异中心。 长期以来植物类解梦，延胡索的系统发育研究往往基于单个叶绿体基因片段和少数类群的取样，未能解决属内类群间的系统发育关系，所提出的亚属级和群级分类系统具有一直存在争议。 此外，延胡索属植物的大部分品种都具有重要的药用和观赏价值。 该属植物分类学和分子系统学研究为该属优质种质资源的有效保护和合理开发利用提供了科学依据。
近日，JIPB在线发表了一篇基于中国科学院昆明植物研究所孙航课题组的研究论文An for the hyper-(:)。 本研究首次对延胡索进行了全球范围的广泛采样和测序，获得了280个具有代表性的叶绿体基因组序列和271个具有代表性的低拷贝核基因数据集，涵盖了目前定义的所有延胡索属群和“品系”。 基于质体基因组和核基因组数据，构建了迄今为止最全面、最稳定的延胡索属系统发育树，探讨了该属拓扑结构的核质不一致性，以及与延胡索属植物之间的系统关系属内的群体已得到澄清。 结果表明，过去定义的42个类群和5个独立“系”中，只有25个类群和1个“系”是单系的，而且大部分是种群数量较少的类群。 祖先性状重建分析表明，生活型、有无主根、有无短囊距、果实类型等相关性状较为稳定，可用于该属的分类鉴定。 基于类群水平的完整系统发育关系，结合形态学证据、地理分布和祖先特征的重建，研究者提出了延胡索新的类群水平分类系统，包括4个亚属（1个新亚属被建立），39组，并全面审查每个组的不同名称。 其中植物类解梦，重新界定16个团体范围，恢复1个团体，新成立6个团体。 本研究在实地考察和标本回顾的基础上，结合多组学数据和形态-地理-特征等多维证据，对延胡索属进行全面的系统发育分析，重新认识属内的系统发育关系，以及大大提高了我们对该属性演化的认识，为紫堇属的深入分类、多样性演化、资源利用和保护奠定了坚实的基础。
昆明植物研究所陈俊彤博士、黄先汉博士和乌普萨拉大学Lidén教授为该论文的共同第一作者。 邓涛研究员和孙航研究员为共同通讯作者。 张亮副研究员、博士生张新建、硕士生旷天惠和康奈尔大学的博士生以及华中师范大学的王东教授也参与了研究工作。 该研究得到了第二次青藏高原综合科学考察研究、中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金重点项目的支持。
孙航课题组长期关注泛第三纪植物多样性起源、演化及进化适应机制研究。 以机制为切入点，多学科、宏观-微观相结合，探索高山植物多样性时空演化过程和生存机制及其在全球植物多样性形成和演化中的作用，探索泛——第三极环境 进化提供了生物学证据。 例如，提出了东亚植物群形成的新视角(Chen et al., 2018)，同时从该视角对延胡索属、延胡索属、葱属等超多样化类群进行了研究系统发育（et al., 2022 等）、地理格局形成（Zhang et al., 2020、2021 等）到伪装色演化（Niu et al., 2021 等）和适应性进化基因组机制（ Chen et al., 2019; Zhang et al., 2023, etc.）全链条系统研究。
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图1 基于65个叶绿体基因组联合CDS的延胡索新分类系统中所有39个类群的系统发育关系（最大似然树）。
AD对应新分类系统的4个亚属； 种名后面的数字和图中的数字（1-39）对应新分类系统的39组； 39张紫堇花部照片对应新分类系统的39组。
1 ( ) 中的所有 39 在新的 65 CDS 上。
AD到四级新； 名称和图像中的 (1-39) 到新的 39 之后； d到39的新。